W latach 2012-2022 przeprowadzano następujące kontrole zewnętrzne w Spółce:

Dotychczas w 2022 roku w Spółce zostały przeprowadzone następujące kontrole:

- Rozpoczęcie się audytu projektu Interreg Południowy Bałtyk 2014-2020, 2.2 Zielone technologie „Przywrócenie żywotności Bałtyku” (Reviving Baltic Resilience) przez Izbę Administracji Skarbowej w Gdańsku w zakresie poniesionych wydatków w złożonym wniosku o płatność nr STHB.02.02.00-22-0092/16-006-04-P06.

W 2021 roku w Spółce zostały przeprowadzone następujące kontrole:

- Audyt akredytacyjny prowadzony przez DPC A. Danylczenko i Spółka sp. j. prowadzony na zlecenie Ministerstwa Rodziny i Polityki Społecznej w dniach 19-24/08/2021 roku- wynik raportu z 90% poziomem spełnienia standardów został przesłany do Ministerstwa Rodziny i Polityki Społecznej.

W 2020 roku w Spółce zostały przeprowadzone następujące kontrole:

- Zdalna wizyta monitorująca Departamentu Ekonomii Społecznej i Solidarnej przy Ministerstwie Rodziny, Pracy i Polityki Społecznej, w dniu 27/05/2020 roku, dotycząca przedłużenia akredytacji dla Ośrodka Wsparcia Ekonomii Społecznej, którego PSSE jest Partnerem.

- Audyt zgodności z Systemem Akredytacji i Standardów Działania Instytucji Wsparcia Ekonomii Społecznej- AKSES w projekcie OWES, przeprowadzony w formie zdalnej w dniach 25-28/08/2020 roku na zlecenie Ministerstwa Rodziny i Polityki Społecznej i zrealizowany przez firmę DPC A. Danylczenko i Spółka sp. j. – w dniu 7 września 2020 roku wpłynął raport przygotowany przez firmę kontrolującą do zatwierdzenia przez Ministerstwo Rodziny i Polityki Społecznej, zaś decyzją Ministra Rodziny i Polityki Społecznej z dnia 29 grudnia 2020 roku, przedłużono akredytację „AKSES” na 18 miesięcy.

W 2019 roku w Spółce zostały przeprowadzone następujące kontrole:
- Kontrola przeprowadzona przez Zespół Kontrolny Ministerstwa Przedsiębiorczości i Technologii, w dniach 1-2/08/2019 roku. Przedmiot kontroli: ocena prawidłowości wydawania przez Spółkę zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej oraz wykonywanie kontroli przedsiębiorców w zakresie przestrzegania warunków zezwoleń w 2018 roku- w dniu 22/10/2019 roku wpłynął do Spółki protokół z w/w kontroli z dnia 16 października 2019 roku. Zespół Kontrolny nie stwierdził nieprawidłowości w kontrolowanym zakresie oraz sformułował zalecenia.

- Kontrola Agencji Rozwoju Pomorza SA przeprowadzona w dniu 22/10/2019 roku w zakresie utrzymania trwałości projektów „Inwestuj w Pomorskie- Promocja aktywności inwestycyjnej regionu Województwa Pomorskiego w krajach Skandynawskich wraz z doradztwem dotyczącym obsługi potencjalnych inwestorów” UDA-RPPM.01.06.01-00-004/09, „Wzmocnienie współpracy środowiska naukowego GUM-ed z podmiotami gospodarczymi o charakterze regionalnym i ponadregionalnym oraz rozwój przedsiębiorczości akademickiej w GUM-ed” UDA- RPPM.01.05.02-00-007/08, 19 r.- wynik pozytywny, Zespół kontrolujący nie stwierdził nieprawidłowości.

- Kontrola Agencji Rozwoju Pomorza SA przeprowadzona w dniu 23/10/2019 roku w zakresie utrzymania trwałości projektu „ICT Startup- generowanie innowacyjnych przedsiębiorstw przez Gdański Park Naukowo- Technologiczny w celu rozwoju Pomorskiego Klastra ICT” UDA- RPPM.01.05.02-00-003/12- kontrola w trakcie.

- Kontrola Agencji Rozwoju Pomorza SA przeprowadzona w dniach 24-25/10/2019 roku w zakresie utrzymania trwałości projektu „Transfer innowacyjnych rozwiązań technologicznych poprzez modernizację infrastruktury w GPN-T” UDA-RPPM.01.05.01-00-006/12- wynik pozytywny, Zespół kontrolujący nie stwierdził nieprawidłowości.

- Kontrola NIK Delegaturę w Gdańsku w zakresie realizacji przez PSSE Sp. z o.o. zadań wynikających z umowy nr UDA- POIR.02.04.01-0024/16-00, kontrola nr P/19/021, przeprowadzona w III i IV kwartale 2019 roku -  w związku z niestwierdzeniem nieprawidłowości nie sformułowano uwag ani wniosków

- Spółka jako Partner projektu nr RPPM.06.03-01-22-0001/16 „Ośrodek Wsparcia Ekonomii Społecznej Dobra Robota na subregion metropolitalny”, współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego w dniach 17-19/06/2019 uczestniczyła w kontroli tego projektu przez Urząd Marszałkowski Województwa Pomorskiego w siedzibie Beneficjenta projektu, Obszaru Metropolitalnego Gdańsk- Gdynia- Sopot. Zakres kontroli obejmował weryfikację zgodności realizacji projektu z jego założeniami określonymi w umowie o dofinansowanie projektu oraz we wniosku o dofinansowanie projektu- kontrola trwa.

W 2018 roku w Spółce zostały przeprowadzone następujące kontrole:
- Kontrola Najwyższej Izby Kontroli nr P/18/016- Działalność specjalnych stref ekonomicznych, obejmująca okres od dnia 1 stycznia 2015 roku do dnia 31 grudnia 2017 roku oraz działania wykraczające poza ten okres, mające wpływ na kontrolowany obszar. Kontrola została wszczęta w maju 2018 roku, a w listopadzie 2018 roku zakończono czynności kontrolne- wszystkie zalecenia pokontrolne sformułowane przez Najwyższą Izbę Kontroli w związku z w/w postępowaniem, zostały zrealizowane przez Spółkę w 2019 roku.
- Kontrola projektu nr UDA-POIR-02.04.01-0024/16-00 „Techniki satelitarne dla transportu intermodalnego”, przeprowadzona w dniach 11-14/09/2018 roku przez Polską Agencję Rozwoju Przedsiębiorczości- kontrola zakończona wynikiem pozytywnym.
- Kontrola archiwum zakładowego przeprowadzona w dniu 23/10/2018 roku przez Archiwum Państwowe w Gdańsku. Kontrola odbyła się w związku z ustaleniem Pomorskiej Specjalnej Strefy Ekonomicznej Sp. z o.o. jako jednostki organizacyjnej, w której powstają materiały archiwalne wchodzące do państwowego zasobu archiwalnego, obowiązanej do utworzenia i prowadzenia archiwum zakładowego zgodnie z przepisami ustawy archiwalnej- Spółce zalecono przesłanie do uzgodnienia Archiwum Państwowego w Gdańsku obowiązujących w jednostce normatywów kancelaryjno- archiwalnych w terminie do dnia 31/10/2019 roku, co zostało wykonane.

W 2017 roku w Spółce zostały przeprowadzone następujące kontrole:
W 2017 roku w Spółce nie były prowadzone jakiekolwiek kontrole zewnętrzne.

W 2016 r. przeprowadzono następujące kontrole w Spółce:

- Kontrola Agencji Rozwoju Pomorza S.A. , w dniach 10/08/2016-12/08/2016 r.  – planowa kontrola projektu WND-RPPM 01.05.02.-00-003/12

W 2015 r. przeprowadzano następujące kontrole w Spółce:

- Kontrola Najwyższej Izby Kontroli Departament Gospodarki Skarbu Państwa i Prywatyzacji, w dniach 12/01/2015-06/2/2015 r. – Wspieranie przez Ministra Gospodarki przedsiębiorstw działających w specjalnych strefach ekonomicznych – wynik pozytywny.

- Kontrola Najwyższej Izby Kontroli Departament Gospodarki Skarbu Państwa i Prywatyzacji, w dniach 22/01/2015-06/2/2015 r. – Wspieranie przez Ministra Gospodarki przedsiębiorstw działających w specjalnych strefach ekonomicznych – wynik pozytywny.

- Kontrola Toruńskiej Agencji Rozwoju Regionalnego S.A., w dniu 29/06/2015 r. – kontrola końcowa projektu nr. UDA-POIG.05.03.00-002/09-00.

- Kontrola Naczelnika Pomorskiego Urzędu Skarbowego w Gdańsku, w dniach 03/08/2015-24/09/2015 r. – Podatek od towarów i usług nr KP-1/411/UPK-161/15/1 – wynik pozytywny.

- Kontrola Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w Gdańsku, w dniu 05/11/2015 r. – Audyt Projektu POKL 07/02/02-22-011/12 wnioski o płatność 5,6 i 7.

- Kontrola WKP ZUS o/Gdańsk w dniach 16/12/2015-31/12/2015 – kontrola planowania na lata 08/2012-07/2015 r. – wynik pozytywny

- Kontrola NIK delegatura w Gdańsku, w dniach 16/12/2015-25/01/2016 r. -Działalność ośrodków innowacji w latach 2013-2015 r. – wynik pozytywny

W 2014 r. przeprowadzano następujące kontrole w Spółce:

- Kontrola Pomorskiego Wojewódzkiego Inspektoratu Środowiska, w dniu 15/05/2014 – Przestrzeganie przepisów i decyzji administracyjnych w zakresie ochrony Środowiska – wynik pozytywny.

-Kontrola Agencji Rozwoju Pomorza S.A w dniu 17/03/2014 r..- kontrola rzeczowo-finansowa projektu RPO WKD.RPAY 01.06.01-00-004/091 – wynik pozytywny.

W 2013 r. przeprowadzano następujące kontrole w Spółce:

- Kontrola Starostwa Powiatowego w Tczewie w dniach 22/05/2013-23/05/2013. Przedmiot kontroli: Kontrola zadań i wykonywanych czynności przekazanych porozumieniem w zakresie obowiązującego Prawa Budowlanego – wynik pozytywny

-Kontrola Urzędu Skarbowego w Sopocie w dniach 06/06/2013- 26/06/2013 r. Przedmiot kontroli: "Prawidłowość rozliczeń z budżetu z tytułu podatku VAT za okres 01/03/2013-31/03/2013 r. - zasadność zwrotu podatku.

- Kontrola Agencji Rozwoju Pomorza S.A w dniu 21/06/2013 r..- kontrola rzeczowo-finansowa projektu RPO 1.6.2. – wynik pozytywny

- Kontrola Agencji Rozwoju Pomorza S.A. w dniu 18/07/2013 r.- kontrola rzeczowo-finansowa projektu RPO 1.5.5.2.00-007/08. – wynik pozytywny

- Kontrola Pomorskiego Wojewódzkiego Inspektoratu Środowiska, w dniu 15/05/2014 – wynik pozytywny.

W 2012 r. przeprowadzano następujące kontrole w Spółce:

- Kontrola Urzędu Skarbowego w Sopocie w dniach 8.10 - 23.10.2012 r. Przedmiot kontroli: "Prawidłowość rozliczeń z budżetu z tytułu podatku VAT za okres 01.07-31.07.2012 r. - zasadność zwrotu podatku. Kontrola wypadła pozytywnie.

- Kontrola przeprowadzona przez Ministerstwo Rozwoju Regionalnego w dniach 11.12 -12.12.2012 r. Weryfikacja prawidłowości realizowanego projektu w oparciu o postanowienie o dofinansowanie nr POIG.05.03.00.00-002/09-05(GPN-T Etap III). Zespół kontrolujący nie stwierdził występowania nieprawidłowości.

- Kontrola Najwyższej Izby Kontroli - Delegatura w Gdańsku p.t. "Wdrażanie innowacji przez szkoły wyższe i parki technologiczne" lipiec - grudzień 2012; W wystąpieniu pokontrolnym NIK uznała, że PSSE sp. z o.o. efektywnie wykorzystywała środki publiczne przeznaczone na sfinansowanie prac związanych z utworzeniem i funkcjonowaniem GPN-T, osiągnęła większość z planowanych wskaźników realizacji celów dwóch projektów objętych badaniem, a także zapewniła trwałość tych projektów.

- Kontrola Agencji Rozwoju Pomorza S.A.- kontrola rzeczowo-finansowa projektu RPO 1.6.1 "Promocja gospodarcza województwa pomorskiego na terenie Azji południowo-wschodniej". Projekt uznano za zrealizowany prawidłowo.

- Kontrola Agencji Rozwoju Pomorza S.A. w ramach zakończonego projektu p.t.: "Wyposażenie GPN-T w nowoczesną infrastrukturę techniczną" w dniach 7-8 luty 2012 r. W toku kontroli stwierdzono, że trwałość projektu została zachowana.

Protokoły pokontrolne znajdują się siedzibie Spółki.